ارتبط تاريخ المحرقة أو الهولوكوست في مستعمرات شمال إفريقيا الفرنسية الثلاث الجزائر والمغرب وتونس إرتباطاً وثيقاً بمصير فرنسا خلال هذه الفترة.
سقطت فرنسا بعد غزو ألمانيا في أيار/مايو 1940 واستقال بول رينو رئيس الوزراء في 22 حزيران/ يونيو. وقع الهدنة مع ألمانيا البطل الشعبي من الحرب العالمية الأولى مارشال هنري فيليب بيتان. من نتائج الاتفاق تقسيم فرنسا إلى جزئين غير متكافئين بما في ذلك الجزء الشمالي من البلاد وهو كامل الساحل الأطلسي الذي هو تحت السيطرة الألمانية. منح بيتان السلطة على الثلث جنوب فرنسا ومستعمراته. رغم التغيير في النظام ظلت الإدارة الإستعمارية إلى حد كبير تحت سيطرة القوات المسلحة الفرنسية دون تغيير.
تم بدأ العمل بتشريع فيشي القاضي بمعاداة السامية من قبل الحكومة الفرنسية بإيحاء من ألمانيا النازية. في عام 1941 أنشئت لجنة عامة بخصوص المسألة اليهودية تحت قيادة كسافييرفالات لتنفيذ وتطبيق قوانين معادية لنظام اليهود.
القانون الأول المعادي لليهود (القانون اليهودي) صدر في 3 تشرين الأول/أكتوبر 1940. وقد عرف اليهود المقيمين على الأرض الفرنسية (المعروفة باسم "المتروبول" أو "فرنسا المتروبوليتانية"), وفي الجزائر على أساس عرق وعلى أساس دين أسلافهم. علماً أن في الجزائر وفرنسا كان ممنوع على اليهود أن يمارسوا أي وظائف عامة: فلا يزاولون عملهم في الحكومة أو التدريس إلا في المدارس اليهودية أو يقوموا بالخدمة العسكريةً أو التجارة بعقود عامة. وفوق ذلك كان ممنوع على اليهود أن يشاركوا في الأنشطة السياسية. وقد كانت هناك استثناءات قليلة سيما للمحاربين القدامة منهم.
وبالعكس كان اليهود في المغرب وتونس يعرفون على أساس انتمائهم الديني. هذا التمييز أتاح لمؤسسات المجتمع اليهودي استقلالية أكبر خففت بعض الشيء من أثر القوانين المعادية لليهود وسمح لليهود بتقلد المناصب داخل مجتمعاتهم.
سرعان ما تبع القانون اليهودي الأول ما حدث كان له أثراً كبير على يهود الجزائر. في 7 تشرين الأول/أكتوبر 1940 ألغت الحكومة الفرنسية مرسوم كريمييوك وتم إلغاء الجنسية الفرنسية ليهود الجزائر وقطع أي طريق لاستعادتها. منذ الاحتلال الفرنسي للجزائر عام 1830 هاجرت أعداد صغير من يهود الجزائر إلى فرنسا. في عام 1939 عاشت جاليات صغيرة من يهود شمال إفريقا في بارس ومرسيليا وليون. ألغى مرسوم كريمييوك موطنيتهم أيضاً على الرغم من أن غيرهم من يهود فرنسا بقوا مواطنين فرنسيين وذلك لعدم إنطباق مرسوم كريمييوك عليهم. ورغم أن اليهود الذين كانوا يعيشون في الجزائر والمحميات تفادوا الترحيل إلى محتشدات الاعتقال النازية على عكس يهود شمال إفريقيا الذين يعيشون في المطران والذين كانوا من ضحايا المحرقة الفرنسية.